Nel 1283 Carlo I d’Angiò concesse ai Padri Francescani Conventuali un’area nel punto più alto della città per la costruzione della loro chiesa e del convento. Il terreno, di proprietà del Monastero delle Benedettine, offriva ampi spazi e giardini, ideali per accogliere un insediamento così importante. Già nel 1291 si parla di un cantiere in piena attività, anche se la chiesa era agibile dal 1286. Il convento di Bitonto divenne rapidamente uno dei più influenti della provincia, sede di studio per la teologia, l’oratoria e le lettere.

La soppressione dell’Ordine nel 1866 segnò una svolta. Nel 1885 il Comune di Bitonto riutilizzò l’edificio come scuola, apprezzandone la posizione centrale, la salubrità dei locali e la disponibilità di spazio per separare le sezioni maschili da quelle femminili. La scuola rimase attiva fino al 1898, quando, a seguito di moti popolari del 29 settembre, l’amministrazione richiese l’intervento di una guarnigione dei Reali Carabinieri, che si stabilì nei locali scolastici.

Nel 1899 una parte del convento fu ceduta gratuitamente e a tempo indeterminato all’Amministrazione Militare per essere adibita a caserma. Dal 1905 la caserma cambiò nome: da San Francesco divenne Umberto I. Durante la Prima guerra mondiale l’edificio fu trasformato in ospedale militare e solo nel 1920 tornò ad accogliere una scuola, mentre la caserma dei Carabinieri si trasferì nel Monastero di San Pietro.

Tra le due guerre mondiali, il convento ospitò il X Reggimento di Fanteria, sotto il comando, tra gli altri, del colonnello Pasquale Lomaglio, che nel 1943 evitò lo scontro con i tedeschi in ritirata, salvando Bitonto da un probabile massacro.

Nel 1950 l’edificio fu restituito all’Ente Ecclesiastico e il vescovo Aurelio Marena lo trasformò nel Seminario Vescovile Interdiocesano, accogliendovi anche l’Archivio e la Biblioteca Diocesani.

Il complesso si sviluppa attorno a due chiostri. Il più piccolo, di origine medievale, presenta archi ogivali ed è considerato il nucleo iniziale del convento, forse risalente al precedente monastero benedettino di clausura. Il chiostro maggiore, oggi più esteso, conserva solo una porzione dell’impianto originario, affacciato sulla chiesa, dove si trovano ancora le volte a crociera. I restauri del Settecento ampliarono la struttura e introdussero le volte a vela sui lati est e sud.

Due portali di grande valore arricchiscono questa zona: a mezzogiorno, un portale trecentesco custodisce un affresco della Vergine e conduce al presbiterio della chiesa; a oriente, un portale settecentesco, ornato dallo stemma della famiglia Planelli e da decorazioni ad “orecchie d’asino”, introduce nella sacrestia, oggi sede dell’Archivio e della Biblioteca Diocesani.

Gli altri due lati del chiostro sono stati ristrutturati nel corso del Novecento, quando l’intero complesso fu riconvertito in Seminario.

Oggi, l’ex convento ospita il Museo Diocesano “Monsignor Aurelio Marena”, il più grande museo diocesano del sud Italia, custode della memoria religiosa, culturale e artistica della città di Bitonto.