Im Jahr 1283 überließ Karl I. von Anjou den Franziskaner-Konventualen ein Grundstück auf dem höchsten Punkt von Bitonto, um dort ihre Kirche und ihr Kloster zu errichten. Das Gelände gehörte ursprünglich zum Benediktinerkloster und bot weite Freiflächen sowie üppige Gärten – ideale Voraussetzungen, um eine bedeutende Ordensgemeinschaft aufzunehmen. Bis 1291 war der Bau in vollem Gange, obwohl die Kirche bereits seit 1286 genutzt wurde. Der Konvent von Bitonto entwickelte sich rasch zu einem der einflussreichsten der Region – als Zentrum für Theologie, Redekunst und Literatur.

Die Auflösung des Ordens im Jahr 1866 markierte eine entscheidende Zäsur. 1885 wandelte die Gemeinde Bitonto das Gebäude in eine Schule um – dank seiner zentralen Lage, gesunden Umgebung und großzügigen Räumlichkeiten besonders geeignet, um Jungen- und Mädchenklassen voneinander zu trennen. Die Schule blieb bis 1898 in Betrieb, als nach sozialen Unruhen am 29. September eine Einheit der Königlichen Carabinieri einberufen wurde, die im Schulgebäude stationiert wurde.

1899 wurde ein Teil des Konvents offiziell und dauerhaft der Militärverwaltung übergeben, um als Kaserne zu dienen. 1905 erhielt die Einrichtung den Namen Umberto-I.-Kaserne, statt des bisherigen Namens San Francesco. Während des Ersten Weltkriegs wurde das Gebäude in ein Militärkrankenhaus umgewandelt. Ab 1920 kehrte es in den Bildungsbereich zurück, während die Carabinieri in das Kloster des heiligen Petrus verlegt wurden.

Zwischen den beiden Weltkriegen war hier das 10. Infanterieregiment untergebracht. Einer der bekanntesten Kommandanten war Oberst Pasquale Lomaglio, der im Jahr 1943 erfolgreich den friedlichen Rückzug der deutschen Truppen aus Bitonto aushandelte – und so Gewalt und mögliches Blutvergießen verhinderte.

1950 wurde das Gebäude der Kirche zurückgegeben. Bischof Aurelio Marena verwandelte es in das interdiözesane Priesterseminar. Außerdem verlagerte er das Diözesanarchiv und die Bibliothek an denselben Ort.

Das architektonische Ensemble ist um zwei Kreuzgänge herum organisiert. Der kleinere, mittelalterliche Kreuzgang mit Spitzbögen gilt als ältester Teil des Klosters – möglicherweise aus einem früheren Benediktinerkloster stammend. Der größere Kreuzgang hat nur an der zur Kirche gewandten Seite seine ursprüngliche Gestaltung bewahrt, wo noch Kreuzgewölbe sichtbar sind. Im 18. Jahrhundert wurde die Anlage erweitert und mit neuen Segelgewölben entlang der Ost- und Südflügel ausgestattet.

Zwei eindrucksvolle Eingänge zieren diesen Teil des Gebäudes. Im Süden führt ein Portal aus dem 14. Jahrhundert mit einem Fresko der Jungfrau Maria direkt in das Kirchenschiff. Im Osten öffnet sich ein Portal aus dem 18. Jahrhundert, geschmückt mit dem Wappen der Familie Planelli, zur Sakristei – dem heutigen Sitz des Diözesanarchivs und der Bibliothek.

Die beiden anderen Seiten des Kreuzgangs wurden im 20. Jahrhundert renoviert, als der gesamte Komplex offiziell in ein Priesterseminar umgewandelt wurde.

Heute beherbergt das ehemalige Kloster das Diözesanmuseum Monsignore Aurelio Marena – das größte seiner Art in Süditalien. Es bewahrt das reiche religiöse, kulturelle und künstlerische Erbe von Bitonto.