Die Kirche des heiligen Franziskus von Paola liegt außerhalb der alten Stadtmauern und gehört zu einem größeren Klosterkomplex. Sie wurde am 3. April 1639 geweiht, ursprünglich unter dem Patrozinium des heiligen Michael und des heiligen Franziskus. Doch am 22. Oktober 1702 stürzte die Kirche plötzlich und ohne Vorwarnung teilweise ein. Die Minimiten, ein Bettelorden, begannen sofort mit dem Wiederaufbau, doch die erneute Weihe erfolgte erst Jahrzehnte später – im Jahr 1773. Die langen Bauverzögerungen führten zu einer vollständigen architektonischen Erneuerung der Anlage.

Die Kirche erhebt sich eindrucksvoll in der Nähe des Baresaner Tors, als würde sie in stillen Dialog mit dem alten Stadttor treten. Die Fassade ist schlicht, geradlinig und elegant, abgeschlossen von einem dekorativen Gesims mit barocken Blumenmotiven. Ein gebrochener Giebel krönt das klassisch gestaltete Portal, in dessen Zentrum eine Statue des heiligen Franziskus von Paola steht. Darüber lässt ein großes Fenster Licht in das Kircheninnere strömen. Der zweigeschossige Glockenturm ist durch umlaufende Gesimse gegliedert und mit einem geschwungenen, rollenartigen Dach versehen.

Das Kircheninnere folgt dem Grundriss eines rechteckigen Schiffs mit einem Tonnengewölbe, das von Seitenkapellen gesäumt ist und in einen großzügigen Chorraum mündet. In der Apsis befindet sich eine Nische mit einer Statue des Heiligen, während über dem Apsisbogen ein großes Gemälde der Geburt Christi den Blick auf sich zieht.

Insgesamt beherbergt die Kirche acht Altäre, jeweils eingebettet in ihre eigene Kapelle. Der erste zeigt eine Statue der Schmerzhaften Muttergottes, darüber ein kleines Gemälde mit der Darstellung der Geißelung Christi. Der zweite Altar ist der heiligen Irene gewidmet – einer der weniger bekannten Schutzpatroninnen von Bitonto seit dem Jahr 1747. Besonders bedeutend ist die Kapelle des heiligen Franziskus von Paola.

Nach der Auflösung des Minimitenklosters wurde die Kirche dem Konservatorium der heiligen Maria der Märtyrer anvertraut. Im Jahr 1897 wurde sie Sitz der Bruderschaft des heiligen Franziskus von Paola und später zur Pfarrkirche erhoben.