Zwei fein gearbeitete Marmorgitter markieren die Treppen, die von den Seitenschiffen der Kathedrale hinab in die Krypta führen. Ein kurioses und faszinierendes Detail begleitet den Zugang: Auf der linken Seite, in der Mitte des Sockels einer der angeschlossenen Säulen, ist eine kleine Skulptur in den Stein gehauen – eine Hommage an die Legende von Colapesce.

Colapesce ist eine mythische Figur aus den Gewässern zwischen Scilla und Charybdis, häufig mit einer Fackel dargestellt. Der Legende nach stellte er sich Kaiser Friedrich II., der seine Behauptung anzweifelte, dass unter dem Ätna Feuer brenne. Um dies zu beweisen, tauchte Colapesce mit einem Stück Holz hinab und versprach zurückzukehren, falls das Holz durch die Flammen versengt würde. Das verkohlte Holz kam wieder an die Oberfläche – Colapesce aber wurde nie mehr gesehen und verschwand für immer in den Tiefen des Meeres.

Die Krypta der Kathedrale ist ebenso groß wie das darüberliegende Querschiff. Sie ist in vier Schiffe unterteilt, die von dreißig Säulen getragen werden, die sich in Höhe und Durchmesser unterscheiden. Nach einigen Theorien könnten diese Säulen aus einem römischen Tempel stammen, der der Göttin Minerva geweiht war und einst auf der antiken Akropolis der Stadt stand. Die Kapitelle, die die Kreuzrippengewölbe tragen, sind mit einer Vielzahl pflanzlicher und tierischer Motive verziert – jedes einzigartig –, sodass sich ein wahrer Wald aus gemeißeltem Stein entfaltet.

Zu den bedeutendsten Kunstwerken, die hier erhalten sind, zählen ein Holzkruzifix aus dem 15. Jahrhundert und das Grabmal von Giovanni Maria De Ferraris, geschnitzt vom neapolitanischen Bildhauer Girolamo D’Auria. An der Westwand finden sich verblasste, aber ausdrucksstarke Fresken aus dem 14. Jahrhundert mit Darstellungen der Verkündigung, der Geburt Christi und mehrerer Heiliger – wertvolle Überreste einer einst umfassenderen Wandmalerei.

Die Krypta beherbergt zudem das Grab von Tommaso Traetta, dem berühmten Komponisten aus Bitonto und einer Schlüsselfigur der Reform der italienischen Oper. Seine letzte Ruhestätte an diesem Ort verleiht der Krypta eine tiefgreifende symbolische Bedeutung – als Ort, an dem sich Spiritualität, Kunst und kollektives Gedächtnis vereinen.